Scheda Insegnamento: Metodi spettroscopici e computazionali per lo studio di biomolecole A.A. 2017/2018
  • Corso di Laurea: BIOTECNOLOGIE PER L'AGRICOLTURA, L'AMBIENTE E LA SALUTE (LM-7)
  • Codice: 17406
  • Crediti: 9
  • Anno Off. Formativa: 2017/2018
  • Anno di Corso: 2
  • Erogazione: I semestre
  • Docente:FERNANDO PORCELLI

Modulo : 1 Cfu(6)

Programma

Modulo di spettroscopia

Spettroscopia di assorbimento: principi base, analisi spettroscopica di biopolimeri, effetti della

conformazione sull’assorbimento. Attività Ottica e misura sperimentale. Dispersione ottica

rotatoria e dicroismo circolare: Applicazione a sistemi biologici. Spettroscopia di Fluorescenza:

principi base, analisi dei fattori che governano l’intensità della fluorescenza, proprietà dei gruppi

fluorescenti, trasferimento di energia singoletto-singoletto e misura di distanze intercromofori

trasferimento di energia singoletto-singoletto e misura di distanze intercromofori. Anisotropia di

fluorescenza. Applicazioni nello studio di molecole biologiche

Spettroscopia NMR: principi generali, caratteristiche degli spettri NMR monodimensionali.

Spettroscopia NMR bidimensionale e multidimensionale per lo studio di macromolecole

biologiche. Utilizzo della spettroscopia NMR per la determinazione della struttura di proteine.

Cenni di spettroscopia NMR a stato solido per lo studio di sistemi biologici. (Metodi per il calcolo

di strutture a partire da parametri NMR).

Testi consigliati

Cantor and Schimmel: Biopysical Chemistry Parts I, II and III. W.H Freeman and Company, San

Francisco CA.

Freifelder, D., Physical Biochemistry, W.H Freeman and Company, New York.

·T. E. Creighton, Proteins: Structures and Molecular Properties. W.H Freeman and Company,

New York.

J. Cavanagh,W.J. Fairbrother, A.G. PalmerIII, N.J. Skelton, Protein NMR

Spectroscopy:Principles and Practice, Academic Press, inc.

Propedeuticità

nessuna

Frequenza

Facoltativa

Metodologia didattica

Ore lezione: 48

Valutazione del profitto

Prova orale

Descrizione dei metodi di accertamento

L'esame si svolge nelle forme stabilite dall'art. 23 del Regolamento Didattico di Ateneo. Del suo svolgimento viene redatto apposito verbale, sottoscritto dal Presidente e dai membri della commissione e dallo studente esaminato. Il voto è espresso in trentesimi, con eventuale lode. Il superamento dell'esame presuppone il conferimento di un voto non inferiore ai diciotto/trentesimi e comporta l'attribuzione dei corrispondenti crediti formativi universitari. Nella valutazione delle prova e nell’attribuzione del voto finale si terrà conto: del livello di conoscenza dei contenuti dimostrato (superficiale, appropriato, preciso e completo, completo e approfondito), della capacità di applicare i concetti teorici (errori nell’applicare i concetti, discreta, buona, ben consolidata), della capacità di analisi, di sintesi e di collegamenti interdisciplinari (sufficiente, buona, ottima), della capacità di senso critico e di formulazione di giudizi (sufficiente, buona, ottima), della padronanza di espressione (esposizione carente, semplice, chiara e corretta, sicura e corretta). Nel corso della prova finale il candidato dovrà a)presentare in maniera critica un lavoro scientifico che utilizzi una delle tecniche spettroscopiche trattate nel corso. Inoltre il candidato dovra' dimostrare di sapere: a)Scegliere la tecnica spettroscopica più adatta per risolvere il proprio problema. b)Progettare l’esperimento. c) Analizzare e discutere in maniera critica i risultati.

Luogo lezioni

Ex Facoltà di Agraria via San Camillo de Lellis snc Viterbo

Orario lezioni

come da orario pubblicato sul sito

Comunicazioni

Nel periodo Ottobre-Gennaio lunedi-giovedi 9-11
oppure in altro orario previo appuntamento da concordare via e-mail.

Nel periodo Febbraio-Giugno qualsiasi giorno previo appuntamento da concordare via mail.



  • Corso di Laurea: BIOTECNOLOGIE PER L'AGRICOLTURA, L'AMBIENTE E LA SALUTE (LM-7)
  • Codice: 17406
  • Crediti: 9
  • Anno Off. Formativa: 2017/2018
  • Anno di Corso: 2
  • Erogazione: I semestre
  • Docente:STEFANO BOROCCI

Modulo : 2 Cfu(3)

Programma

Note introduttive: Modelli molecolari in 3D, rappresentazione e significato chimico-fisico. Banche dati di strutture molecolari e macromolecolari: Cambridge Structural Database, Protein Databank. Meccanica Molecolare: Force fields, energia potenziale delle molecole biologiche, metodi di minimizzazione dell’energia per l’esplorazione della superficie di energia potenziale.
Dinamica molecolare: evoluzione temporale di un modello molecolare; traiettoria. Dinamica molecolare a pressione e temperatura costante. Analisi delle traiettorie per il calcolo di proprietà strutturali e dinamiche di sistemi macromolecolari. Analisi conformazionale delle biomolecole.
Progettazione razionale di nuove molecole biologicamente attive mediante metodi computazionali. Applicazione di simulazioni di dinamica molecolare per lo studio di proteine, membrane biologiche, proteine di membrana, DNA ed RNA

Testi consigliati

A. Leach Molecular Modelling: Principles and Applications. Prentice Hall; 2 Ed
H. D. Höltje, W. Sippl, Didier Rognan, G. Folkers Molecular Modeling; Basic Principles and Applications. Wiley-VCH

Propedeuticità

Nessuna

Frequenza

Facoltativa

Metodologia didattica

Ore lezione: 24

Valutazione del profitto

Prova orale

Descrizione dei metodi di accertamento

L'esame si svolge nelle forme stabilite dall'art. 23 del Regolamento Didattico di Ateneo. Del suo svolgimento viene redatto apposito verbale, sottoscritto dal Presidente e dai membri della commissione e dallo studente esaminato. Il voto è espresso in trentesimi, con eventuale lode. Il superamento dell'esame presuppone il conferimento di un voto non inferiore ai diciotto/trentesimi e comporta l'attribuzione dei corrispondenti crediti formativi universitari. Nella valutazione delle prova e nell’attribuzione del voto finale si terrà conto: del livello di conoscenza dei contenuti dimostrato (superficiale, appropriato, preciso e completo, completo e approfondito), della capacità di applicare i concetti teorici (errori nell’applicare i concetti, discreta, buona, ben consolidata), della capacità di analisi, di sintesi e di collegamenti interdisciplinari (sufficiente, buona, ottima), della capacità di senso critico e di formulazione di giudizi (sufficiente, buona, ottima), della padronanza di espressione (esposizione carente, semplice, chiara e corretta, sicura e corretta). L'esame sarà sostenuto in forma orale. Nel corso della prova d’esame il candidato dovrà presentare in maniera critica un lavoro scientifico che utilizzi una o più metodi trattati nel corso. Inoltre il candidato dovrà dimostrare di sapere: a) Scegliere la tecnica spettroscopica e i metodi computazionali più adatti per risolvere il proprio problema. b) Progettare l’esperimento. c) Analizzare e discutere in maniera critica i risultati.

Luogo lezioni

Ex Facoltà di Agraria via San Camillo de Lellis snc Viterbo

Orario lezioni

come da orario pubblicato sul sito

Comunicazioni

Lunedì 9:00-11:00, venerdì 11:30-13:00 nel periodo Settembre-Dicembre
oppure qualsiasi giorno previo appuntamento da concordare via e-mail.
Dipartimento per la Innovazione nei sistemi Biologici, Agroalimentari e Forestali (DIBAF)
Largo dell’Università-Blocco D
2° Piano, Stanza 310A
Tel: 0761-357127
e-mail: borocci@unitus.it